Die Geschichte von Eichenau beginnt im Jahre 1863 mit der Errichtung eines Blockhauses in der Nähe der heutigen S-Bahn-Haltestelle. Zuvor war das feuchte Moorgebiet im Starzeltal lediglich von einem Schäfer genutzt worden. So richtig aufwärts ging es mit der Siedlung im Allinger Moos jedoch erst, nachdem 1905 der Haltepunkt am heutigen Lehr- und Versuchsgut Roggenstein an der Bahnlinie Pasing-Buchloe eröffnet worden war. Bei einer Volkszählung im Dezember 1905 wurden im "Allinger Moos" schon 14 Haushaltungen mit 23 männlichen und 25 weiblichen Personen, somit 48 Einwohner, erfasst. Es wurden Flächen entwässert und von 1915 an  auch der Starzelbach begradigt. Im Januar 1907 hatte Prinzregent Luitpold auf Antrag eines Bewohners verfügt, dass die Siedlung (mit Eichenbestand) offiziell den Namen Eichenau führen darf. Eine weitere Volkszählung im Dezember 1910 ergab für den Weiler Eichenau bereits 61 Einwohner. Bis zum Beginn des Zweiten Weltkrieges war die Einwohnerzahl bereits auf etwa 1600 angewachsen.

Nach 1945 erhöhte sich die Bevölkerung durch den Zuzug von Flüchtlingen und Vertriebenen. Als 1919 erstmals zwei Bürger aus dem Ortsteil Eichenau in den Allinger Gemeinderat gewählt worden waren und die Eichenauer von Wahl zu Wahl immer mehr den Allinger Gemeinderat dominierten, kam es zum „Krieg am Starzelbach“, wie damals eine Zeitung schrieb. Dieser endete letztlich in der von den Allingern mehrfach beantragten Abtrennung der Siedlung Eichenau zu einer selbstständigen Gemeinde im Jahre 1957. Für einen wirtschaftlichen Aufschwung in der Siedlung sorgte von 1918 an der Anbau der Pfefferminze, die Adolf Pfaffinger 1918 als Kriegsheimkehrer mitgebracht hatte. Jahrzehnte lang war die  (Mentha piperita) aus Eichenau eine wichtige Erwerbsquelle. 1939 bauten über 50 Bauern die Heilpflanze an. Das Pfefferminzmuseum gibt einen Einblick in diese Zeitspanne. 1961 werden bei einer erneuten Volkszählung in 918 Gebäuden 1366 Haushaltungen mit  3786 Gemeindebürgern registriert. Einen weiteren Zuzug löste schließlich die Eröffnung der S-Bahnlinie 1972 aus. Heute zählt die prosperierende Gemeinde Eichenau weit über 12000 Einwohner, mehr als drei Mal so viel wie die Muttergemeinde Alling.