Der Ort wird erstmals um 1100 als „Wiger“ und wenig später als „Wiâren“ erwähnt. Bedeutung: „Bei den Weihern“. Es stand bereits eine mittelalterliche Burg des Ortsadels hier.  Dieser ist  1190 erstmals genannt, Anfang des 13. Jh. fand er sich im Gefolge der Herzöge von Andechs-Meranien. 1298 war die Burg als herzogliches Lehen an die Eisenhofer übergegangen. 1440 als Hofmark genannt; zumeist von herzoglichen Pflegern verwaltet, erst ab dem 16. Jh. wieder als Lehen vergeben. 1597 sind neben dem Schloß, die Tafern und die Weiher genannt. Vor 1720 ist der Komplex im Besitz des Hofkammerrats Johann Baptist Ruffini. 1826 erkaufte Ludwig Karl Freiherr v. Lotzbeck das Schloß mit Patrimonialgericht.

Der jetzige Bau wurde nach einem Brand von 1704 bis 1726 neu errichtet. 1827 wurde die Fassade durch Johann Baptist Métevier überarbeitet. In den darauffolgenden Jahren gestaltete dieser auch das Innere um. Im Obergeschoß  befindet sich ein Saal mit Arkadenbögen und romanisch-neugotischer Dekoration. Der bevorzugte Architekt König Maximilians II., Friedrich Bürklein, erhielt um 1848 den Auftrag für Umbauten in Schloß Weyhern. Unter den Zimmern ist  auch eines im klassizistisch-pompejanischem Stil, das von Josef Anton Schwarzmann ausgemalt wurde.  Das Schloß befindet sich in Privatbesitz.

Neben dem Schloß befindet sich die alte Schloßwirtschaft, ein Walmdachbau mit geschnitztem Portal von 1793. In der Wirtsstube sind noch Reste der Ausstattung aus dem späten Rokoko vorhanden.