Der Ort wird erstmals 793/811 als „Cundinchofa“ und 829 al „Cundinchofun“ erwähnt. Der Name bedeutet „Höfe des Gunzil“. Bereits im 13. Jahrhundert dürfte hier eine kleine Burg gestanden haben. Von den „Günzlhovern“ über die „Saldorfer“ kam der Besitz durch Heirat 1480 an den Pfleger von Schlanders (Südtirol) Jeromin Perwanger. 1485 erhielt er die Hofmarksgerechtigkeit, er baute ein beeindruckendes Renaissance-Schloss und errichtete eine Schule mit einem ausgebildeten Lehrer. Es war die erste Schule im heutigen Landkreis, außerhalb der Klosterschule Fürstenfeld. Seine Söhne Augustin und Christof Perwanger wurden 1527 als Wiedertäufer in München enthauptet. Von 1595 bis 1825 gehörte die Hofmark der Familie Imhoff. Das Schloss wurde um 1800 abgebrochen.

Die Pfarrkirche St. Margareth, ein spätgotischer Bau, wurde im 17. Jh. barockisiert und 1921 verlängert. In ihr befindet sich ein qualitätvoller Stuckmarmor-Hochaltar, der wahrscheinlich aus der ehem. Klosterkirche von Wessobrunn stammt. Bemerkenswert sind die zahlreichen Marmor-Epitaphien der früheren Hofmarksherren und deren Ehefrauen. Besonders hervorzuheben sind zwei Renaissance-Epitaphien für Anna Perwanger (+ 1488) und Jeromin Perwanger (+ 1517).

Neben der Kirche befindet sich der schön restaurierte, ehemalige Pfarrhof, dessen Anfänge in das 16. Jh. reichen. Er wird heute als Pfarrheim genutzt.

Günzlhofen ist der Heimatort der Musiker- und Lehrerfamilie Well. Die Mitglieder der Musik- und Kabarettgruppen Biermösl-Blosn und Wellküren wuchsen hier auf.